Usare il sequenziamento per studiare il virus SARS-Cov-2
L’obiettivo è comprendere i pattern di diffusione del virus, identificare le catene di trasmissione, ricostruire la sua storia mutazionale, rilevare la presenza eventuale di varianti a differente patogenicità o infettività o di quasispecie virali entro ospite. Abbiamo bisogno che lo si faccia mettendo in rete i diversi laboratori di sequenziamento, i gruppi di analisi bioinformatiche, i virologi, gli epidemiologi in uno sforzo comune e coeso.
Il sequenziamento degli acidi nucleici ha fatto negli ultimi 10 anni progressi enormi in termini di aumento di processività e di diminuzione dei costi, tanto da farne uno strumento di largo utilizzo nelle scienze biomediche non solo a fini di ricerca ma anche a fini diagnostici. Oggi è possibile studiare in tempo reale la diffusione ed evoluzione di un virus come SARS-Cov-2 attraverso il sequenziamento massivo del suo genoma da migliaia di isolati. L’obiettivo è quello di comprendere i pattern di diffusione del virus, identificare le catene di trasmissione, ricostruire la sua storia mutazionale, rilevare la presenza eventuale di varianti a differente patogenicità o infettività o di quasispecie virali entro ospite.
Quello di cui abbiamo urgente bisogno è di rendere efficace questo sforzo attraverso un’iniziativa coordinata a livello nazionale che produca i dati sui genomi dei ceppi virali.
Di questi dati abbiamo bisogno per comprenderne diffusione, frequenze, mutabilità, patogenicità ora e subito.
Abbiamo bisogno che lo si faccia mettendo in rete i diversi laboratori di sequenziamento, i gruppi di analisi bioinformatiche, i virologi, gli epidemiologi in uno sforzo comune e coeso al fine di comprendere meglio andamento ed evoluzione dell’epidemia.